국토교통부 산하 13개 공공기관이 세무당국으로부터 3530억원을 추징당한 것으로 드러났다. 국토부 산하 23개 공공기관 중 절반이 넘는 공공기관들 세금 추징을 당한 셈이다.

최근 거액의 세금추징 사실이 드러난 인천공항공사에 이어 나머지 국토부 산하 공공기관들이 줄줄이 세무당국으로부터 거액의 세금추징을 당해 회계투명성 논란이 확산될 것으로 보인다.

국회 국토교통위 새정치연합 강동원 의원은 21일 "지난 2008년 이후 국토부 23개 공공기관들 가운데 절반가량이 넘는 13개 공공기관들이 세무당국으로부터 세무조사를 받아 무려 3530억9781만원에 이르는 거액의 세금을 추징당한 것으로 확인됐다"고 밝혔다.

가장 많은 세금을 추징당한 공공기관은 인천공항공사로 2288억2000만원에 이른다. 그 뒤를 이어 ▲한국도로공사 459억원 ▲대한주택보증 360억원 ▲한국철도시설공단 163억원 ▲한국철도공사 111억원 ▲한국수자원공사 59억원 ▲한국공항공사 42억1000만원 ▲코레일유통 20억8000만원 ▲한국감정원 16억4000만원 ▲코레일네트웍스 7억6000만원 ▲코레일관광개발 5594만원 ▲한국건설관리공사 2억7000만원 ▲주택관리공단 2000만원 등이다.

이들 국토부 소속 13개 공공기관들은 세무당국으로부터 대부분이 정기세무조사를 받아 법인세, 부가가치세를 추징당한 것으로 나타났다.

특히 대한주택보증은 2012년 국세청 정기세무조사를 받아 법인세 55억9000만원을 추징당한 데 이어 2013년에는 취득세 304억원을 추징당했다.

한국감정원은 2011년 법인세·부가가치세·원천세 등에 대한 정기세무조사를 받아 법인세 12억4100만원, 부가세 1억9900만원을 추징당했다. 이어 2013년에는 자가조사비 지급액 관련한 특별세무조사까지 받아 소득세 1억5600만원, 법인세 4400만원을 추징당한 것으로 드러났다.

공공기관이 정기세무조사 이외에 특별세무조사까지 받은 것은 매우 이례적이다.

교통안전공단의 경우에도 올 8월부터 국세청으로부터 법인세·부가가치세·소득세 등에 대한 정기세무조사를 받고 있는 것으로 확인됐다.

이처럼 세무당국으로부터 세무조사를 받아 총 3531억원에 이르는 거액의 세금을 받은 13개 공공기관 중 5개 기관만 세무당국에 과세처분에 불복해 조세불복청구를 했다.

조세불복 청구를 신청한 ▲인천국제공항공사, ▲대한주택보증 ▲한국철도시설공단 ▲코레일유통 ▲코레일네트웍스 등 5개기관의 조세불복신청을 한 추징세액은 2480억8000만원에 이르고 있다. 

하지만 이들 공공기관들이 세무당국으로부터 환급받은 금액은 26.9%인 667억3000만원에 불과하다.

조세불복청구 결과를 보면 ▲인천국제공항공사의 경우 추징세액 2288억원 가운데 조세심판청구를 통해 663억원은 환급받았고, 현재 372억원에 대해 소송이 진행중이다.

대한주택보증도 추징세액 36억원에 대해 조세심판청구글 했으나 패소당했다.

한국철도시설공단도 추징세액 136억원에 대해 이의신청, 조세심판청구를 했으나 기각당한 것으로 밝혀졌다.

코레일유통은 2008년과 2013년에 추징당한 19억6962만원에 대해 의의신청, 조세심판청구 등 조세불복청구를 했으나 43513만원만 환급받았다. 지난해 신청한 조세불복청구는 기각당했다.

강동원 의원은 "이처럼 인천공항공사에 이어 국토부 산하 13개 기관에서 지난 5년 간 세무당국에서 3530억원의 세금을 추징당하고도 절반도 안되는 기관들이 조세불복청구를 했다는 것은 그만큼 회계투명성이 매우 낮다는 것을 의미한다"고 지적했다.

강 의원은 "공공기관들이 천문학적인 규모로 세금을 추징당한 것은 방만경영을 일삼고 있는 공공기관들의 불투명한 회계를 드러낸 것"이라며 "향후 공공기관들이 세무당국으로부터 거액의 세금을 추징당하지 않도록 공공기관들이 계약을 맺은 세무대리인에 대한 관리·감독을 강화해야 한다"고 촉구했다.

과세당국에 대해서도 조세불복청구나 행정소송 등을 통해 과세처분이 패소하는 일이 없도록 무리한 과세처분을 지양하고 적법하고도 정당하게 세금추징을 해야 한다고 말했다.

주영은 기자 chesill@dailiang.co.kr